十三经是由汉朝的五经逐渐发展而来的，最终形成于南宋。十三种儒家文献取得“经”的地位，经过了一个相当长的时期。在汉代，以《易》、《诗》、《书》、《礼》、《春秋》为“五经”，官方颇为重视，立于学官。唐代有“九经”，也立于学官，并用以取士。

所谓“九经”包括《易》、《诗》、《书》、《周礼》、《仪礼》、《礼记》和《春秋三传》。唐文宗开成年间于国子学刻石，所镌内容除“九经”外，又益以《论语》、《尔雅》、《孝经》。五代时蜀主孟昶刻“十一经”，排除《孝经》、《尔雅》，收入《孟子》，《孟子》首次跻入诸经之列。南宋硕儒朱熹以《礼记》中的《大学》、《中庸》与《论语》、《孟子》并列，形成了今天人们所熟知的《四书》，并为官方所认可，《孟子》正式成为“经”。至此，儒家的十三部文献确立了它的经典地位。清乾隆时期，镌刻《十三经》经文于石，阮元又合刻《十三经注疏》。

汉朝：五经

汉朝时，以《易》、《诗》、《书》、《仪礼》、《春秋》为“五经”，立于学官。

唐朝：九经

唐朝时，《春秋》分为“三传”，即《左传》、《公羊传》、《谷梁传》；《礼经》分为“三礼”，即《周礼》、《仪礼》、《礼记》。这六部书再加上《易》、《书》、《诗》，并称为“九经”，也立于学官，用于开科取士。

晚唐：十二经

唐文宗开成年间，在国子学刻石，内容除了“九经”之外，还加上了《论语》、《尔雅》、《孝经》。

五代：十一经（收入《孟子》）

五代十国时后蜀国主孟昶刻“十一经”，收入《孟子》，而排除《孝经》、《尔雅》。

南宋：十三经正式形成。

南宋时《孟子》正式成为“经”，和《论语》、《尔雅》、《孝经》一起，加上原来的“九经”，构成“十三经”。